You are 4274061 visitor.
Currently 9 users online.


Sequence & secondary structure in dot-bracket notation
       
 PDB id   NDB id  Strands     Number of models     Functional class     Experimental method     Resolution [Å]     PDB deposition
4BYP 5, 7, 81RIBOSOMEElectron Microscopy4.32013-07-20

model 1
>strand_5
GUuUGACCUCAAAUCAGGUAGGAGUACCCGCUGAACUUAAGCAUAUCAAUAAGCGGAGGAAAAGAAACCAACCGGGAUUGCCUUAGUAACGGCGAGUGAAGCGGCAAAAGCUCAAAUUUGAAAUCUGGUACCUUCGGUGCCCGAGUUGUAAUUUGGAGAGGGCAACUUUGGGGCCGUUCCUUGUCUAUGUUCCUUGGAACAGGACGUCAUAGAGGGUGAGAAUCCCGUGUGGCGAGGAGUGCGGUUCUUUGUAAAGUGCCUUCGAAGAGUCGAGUUGUUUGGGAAUGCAGCUCUAAGUGGGUGGUAAAUUCCAUCUAAAGCUAAAUAUUGGCGAGAGACCGAUAGCGAACAAGUACAGUGAUGGAAAGAUGAAAAGAACUUUGAAAAGAGAGUGAAAAAGUACGUGAAAUUGUUGAAAGgGAAGGGCAUUUGAUCAGACAUGGUGUUUUGUGCCCUCUGCUCCUUGUGGGUAGGGGAAUCUCGCAUUUCACUGGGCCAGCAUCAGUUUUGGUGGCAGGAUAAAUCCAUAGGAAUGUAGCUUGCCUCGGUAAGUAUUAUAGCCUGUGGGAAUACUGCCAGCUGGGACUGAGGACUGCGACGUAAGUCAAGGAUGCUGGCAUAAUGGUUAUAUGCCGCCCGUCUUGAAACACGGACCAAGGAGUCUAACGUCUAUGCGAGUGUUUGGGUGUAAAACCCAUACGCGUAAUGAAAGUGAACGUAGGUUGGGGCCUCGCAAGAGGUGCACAAUCGACCGAUCCUGAUGUCUUCGGAUGGAUUUGAGUAAGAGCAUAGCUGUUGGGACCCGAAAGAUGGUGAACUAUGCCUGAAUAGGGUGAAGCCAGAGGAAACUCUGGUGGAGGCUCGUAGCGGUUCUGACGUGCAAAUCGAUCGUCGAAUUUGGGUAUAGGGGCGAAAGACUAAUCGAACCAUCUAGUAGCUGGUUCCUGCCGAAGUUUCCCUCAGGAUAGCAGAAGCUCGUAUCAGUUUUAUGAGGUAAAGCGAAUGAUUAGAGGUUCCGGGGUCGAAAUGACCUUGACCUAUUCUCAAACUUUAAAUAUGUAAGAAGUCCUUGUUACUUAAUUGAACGUGGACAUUUGAAUGAAGAGCUUUUAGUGGGCCAUUUUUGGUAAGCAGAACUGGCGAUGCGGGAUGAACCGAACGUAGAGUUAAGGUGCCGGAAUACACGCUCAUCAGACACCACAAAAGGUGUUAGUUCAUCUAGACaGCCGGACGGUGGCCAUGGAAGUCGGAAUCCGCUAAGGAGUGUGUAACAACUCACCGGCCGAAUGAACUAGCCCUGAAAAUGGAUGGCGCUCAAGCGUGUUACCUAUACUCUACCGUCAGGGUUGAUAUGAUGCCCUGACGAGUAGGCAGGCGUGGAGGUCAGUGACGAAGCCUAGACCGUAAGGUCGGGUCGAACGGCCUCUAGUGCAGAUCUUGGUGGUAGUAGCAAAUAUUCAAAUGAGAACUUUGAAGACUGAAGUGGGGAAAGGUUCCACGUCAACAGCAGUUGGACGUGGGUUAGUCGAUCCUAAGAGAUGGGGAAGCUCCGUUUCAAAGGCCUGAUUUUAUGCAGGCCACCAUCGAAAGGGAAUCCGGUUAAGAUUCCGGAACCUGGAUAUGGAUUCUUCACGGUAACGUAACUGAAUGUGGAGACGUCGGCGCGAGCCCUGGGAGGAGUUAUCUUUUCUUCUUAACAGCUUAUCACCCCGGAAUUGGUUUAUCCGGAGAUGGGGUCUUAUGGCUGGAAGAGGCCAGCACCUUUGCUGGCUCCGGUGCGCUUGUGACGGCCCGUGAAAAUCCACAGGAAGGAAUAGUUUUCAUGCCAGGUCGUACUGAUAACCGCAGCAGGUCUCCAAGGUGAACAGCCUCUAGUUGAUAGAAUAAUGUAGAUAAGGGAAGUCGGCAAAAUAGAUCCGUAACUUCGGGAUAAGGAUUGGCUCUAAGGGUCGGGUAGUGAGGGCCUUGGUCAGACGCAGCGGGCGUGCUUGUGGACUGCUUGGUGGGGCUUGCUCUGCUAGGCGGACUACUUGCGUGCCUUGUUGUAGACGGCCUUGGUAGGUCUCUUGUAGACCGUCGCUUGCUACAAUUAACGAUCAACUUAGAACUGGUACGGACAAGGGGAAUCUGACUGUCUAAUUAAAACAUAGCAUUGCGAUGGUCAGAAAGUGAUGUUGACGCAAUGUGAUUUCUGCCCAGUGCUCUGAAUGUCAAAGUGAAGAAAUUCAACCAAGCGCGGGUAAACGGCGGGAGUAACUAUGACUCUCUUAAGGUAGCCAAAUGCCUCGUCAUCUAAUUAGUGACGCGCAUGAAUGGAUUAACGAGAUUCCCACUGUCCCUAUCUACUAUCUAGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCUUGGCAGAAUCAGCGGGGAAAGAAGACCCUGUUGAGCUUGACUCUAGUUUGACAUUGUGAAGAGACAUAGAGGGUGUAGAAUAAGUGGGAGCUUCGGCGCCAGUGAAAUACCACUACCUUUAUAGUUUCUUUACUUAUUCAAUGAAGCGGAGCUGGAAUUCAUUUUCCACGUUCUAGCAUUCAAGGUCCCAUUCGGGGCUGAUCCGGGUUGAAGACAUUGUCAGGUGGGGAGUUUGGCUGGGGCGGCACAUCUGUUAAACGAUAACGCAGAUGUCCUAAGGGGGGCUCAUGGAGAACAGAAAUCUCCAGUAGAACAAAAGGGUAAAAGCCCCCUUGAUUUUGAUUUUCAGUGUGAAUACAAACCAUGAAAGUGUGGCCUAUCGAUCCUUUAGUCCCUCGGAAUUUGAGGCUAGAGGUGCCAGAAAAGUUACCACAGGGAUAACUGGCUUGUGGCAGUCAAGCGUUCAUAGCGACAUUGCUUUUUGAUUCUUCGAUGUCGGCUCUUCCUAUCAUACCGAAGCAGAAUUCGGUAAGCGUUGGAUUGUUCACCCACUAAUAGGGAACGUGAGCUGGGUUUAGACCGUCGUGAGACAGGUUAGUUUUACCCUACUGAUGAAUGUUACCGCAAUAGUAAUUGAACUUAGUACGAGAGGAACAGUUCAUUCGGAUAAUUGGUUUUUGCGGCUGUCUGAUCAGGCAUUGCCGCGAAGCUACCAUCCGCUGGAUUAUGGCUGAACGCCUCUAAGUCAGAAUCCAUGCUAGAACGCGGUGAUUUCUUUGCUCCACACAAUAUAGAUGGAUACGAAUAAGGCGUCCUUGUGGCGUCGCUGAACCAUAGCAGGCUAGCAACGGUGCACUUGGCGGAAAGGCCUUGGGUGCUUGCUGGCGAAUUGCAAUGUCAUUUUGCGUGGGGAUAAAUCAUUUGUAUACGACUUAGAUGUACAACGGGGUAUUGUAAGCAGUAGAGUAGCCUUGUUGUUACGAUCUGCUGAGAUUAAGCCUUUGUUGUCUGAUUUGU
--.((.(((((((.((((((.(....(((((......(...[..).......)))).).........((....))...((((......((.]...)).....))))...((((.........(((.((((((...)))))).))....)........((((((.((((....((((.((((((((...({((((......)))))[[(...).(((....}]])))....))))))))...))))........))))))))))...)....(((((((........))))))).....(((((..[[[[[[)))))..))).........(((((((.((...............((....))....((......(..((((....))))............)(.....((((((((((.....(((((.((((((.......-----------------------------------------------....(((((((((((((((((((((((.......(((((((......((((((....)))))).......))))))).....))))).))))))))))........(((....)))....))))))))....)))))).))))).<((((........))))((((((....((((((.((((((..(((...(((.......)))...)))...((....)).......(((((..(((((....)))))...))))).((((((((....(....)....))).))).))....)))))).))))))..((.(...((((((.....((((((((((.((((...(((((((....)))))))...).)))...(((..((.((.......A)))).)))..).))))))))).(.((.......))...)..))))))......).))..((((((....(.(((....))).)((((((((((....((.(((((((.(...(((....(((..(.(((((..(..((.......))..)))))).)..)))..)).)...).)))))...((((.((((.(......))))).)))).....))))..)))))))).))..((((.((.((.....)).)).))))....(((......)))...(((((((...((([[[...(.((((((......(..........(((.((((((((((...---........((...((.........))...))......(..............).........)))))))))))))..........]]].)....))))))))))...)))))))(((((((((.........)))))))))....))))))(.((((((((.((......((((.((((....))))))))...))))))))))..).....))))))((.....((.....((((((.......))))))((((.....((((..((..((((((....((.....))..)))))....[[(((.((...((....(((....)))........(.(....(...).....).)....))....))...(((((........)))))]]((((..(((.(((...((((....)))...(.[.((((((...((((.((((((((((((((((((...{{..))))))(...(((((....(((((.....(((.....))).....))))).....)))))....)(((((((......))))))))))).).))))))).))))(...)....))))))...))....)))...))).)))).))).))).....((......)).)))).((((.....))))..))))..((((.....(((((((.((..(....(.......(((((....(.[..).....)))))((.(((((((((((.-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------.)))))..)))))).))(...).......(((((((((...((.........))...(((((((....((((.....))))......))))))).].(((.(((..((((((.(...(......((((....))))......).)))))..)))))(((((.........)))))........((..........(((((.......)))))..)..)....)))....)).))))))).)..))).)))))))..))))))....)).[..(((((.....>].)))))....(((((..(((.((......((((.((((((..(((((.((((((((..(..(......----------------------------------------------------------......)..)....((((.....((((..(((((......)))))...........]...((((((....))))))..))))..))))......))))))))..)))))..(((......[)).)((((((..........]))))))([((...(((((((.(.((((((.......))))))...).((][.[[[))....))))))).(.(((..((((....{..))))..))))(((....))).))]]].].....((((((..((((.]]]]]]))))))))))....)}....))))..)))))).......((.(.(.((((((...((.......))...))))))...)).).).......(((((.((((((..(.(((((((......))))))..).).(((.(.....).))).....)))))..)...))).))....(((((((....))).))))..a.))..))).)))))....((((((((..((((.(.(((((......(....).....))))).)(((((...((((....((((((((((}}..)))))..)))))...))))..))))).((((...((((.............))))...)))).))))....)))))))).......(((.((.(((.((....((.(........(((((((..).)))))).....))).......((((((...(((((.(..(((......)))..).))))).)))))).............)).))).)).)))..(((((.(..(.......)..)...(.(((((((((.(((....((((.(..((((((..)..)))))..)))))...)))....)))).)))))).)))))..
>strand_7
GGUUGCGGCCAUAUCUACCAGAAAGCACCGUUUCCCGUCCGAUCAACUGUAGUUAAGCUGGUAAGAGCCUGACCGAGUAGUGUAGUGGGUGACCAUACGCGAAACUCAGGUGCUGCAAUCU
(((((((((....((((((((.....((((((...(....)...))).)..))....)))))).))((((((.......(((((..((....)).))))).....))))))))))))))).
>strand_8
AAACUUUCAACAACGGAUCUCUUGGUUCUCGCAUCGAUGAAGAACGCAGCGAAAUGCGAUACGUAAUGUGAAUUGCAGAAUUCCGUGAAUCAUCGAAUCUUUGAACGCACAUUGCGCCCCUUGGUAUUCCAGGGGGCAUGCCUGUUUGAGCGUCAUUU
...)))))))))).....)))..)))))))))..)......((((((.[[.....))).....(.((((.....]]............).)))..)...)))....((.....))(((((((((....))))))))).)))))))))))).).))...