RNA FRABASE - RNA FRAgments search engine & dataBASE

Sequence & secondary structure in dot-bracket notation

PDB id	NDB id	Strands	Number of models	Functional class	Experimental method	Resolution [Å]	PDB deposition
1VW3		A	1	RIBOSOME	Electron Microscopy	3.2	2014-01-22

model 1

>strand_A
GUAAAAAgUAGAAUAAUAGAUUUGAAAUAUUUAUUAUAUAGAUUUAAAGAGAUAAUCAUGGAGUAUAAUAAUUAAAUUUAAUaAAUUUAAUAUAACUAUUAAUAGAAUUAGGUUACUAAUAAAUUAAUAACAAUUAAUUUUAAAACCUAAAGGUAAACCUUUAUAUUAAUAAUGUUAUUUUUUAUUAUUUUUAUAAUAAGAAUAAUUAUUAAUAAUAAUAAACUAAGUGAACUGAAACAUCUAAGUAACUUAAGGAUAAGAAAUCAACAGAGAUAUUAUGAGUAUUGGUGAGAGAAAAUAAUAAAGGUCUAAUAAGUAUUAUGUGAAAAAAAUGUAAGAAAAUAGGAUAACAAAUUCUAAGACUAAAUACUAUUAAUAAGUAUAGUAAGUACCGUAAGGGAAAGUAUGAAAAUGAUUAUUUUAUAAGCAAUCAUGAAUAUAUUAUAUUAUAUUAAUGAUGUACCUUUUGUAUAAUGGGUCAGCAAGUAAUUAAUAUUAGUAAAACAAUAAGUUAUAAAUAAAUAGAAUAAUAUAUAUAUAUAAAAAAAUAUAUUAAAAUAUUUAAUUAAUAUUAAUUGACCCGAAAGCAAACGAUCUAACUAUGAUAAGAUGGAUAAACGAUCGAACAGGUUGAUGUUGCAAUAUCAUCUGAUUAAUUGUGGUUAGUAGUGAAAGACAAAUCUGGUUUGCAGAUAGCUGGUUUUCUAUGAAAUAUAUGUAAGUAUAGCCUUUAUAAAUAAUAAUUAUUAUAUAAUAUUAUAUUAAuAUUAUAUAAAGAAUGGUACAGCAAUUAAUAUAUAUUAGGGAACUAUUAAAGUUUUAUUAAUAAUAUUAAAUCUCGAAAUAUUUAAUUAUAUAUAAUAAAGAGUCAGAUUAUGUGCGAUAAGGUAAAUAAUCUAAAGGGAAACAGCCCAGAUUAAGAUAUAAAGUUCCUAAUAAAUAAUAAGUGAAAUAAAUAUUAAAAUAUUAUAAUAUAAUCAGUUAAUGGGUUUGACAAUAACCAUUUUUUAAUGAACAUGUAACAAUGCACUGAUUUAUAAUAAAUAAAAAAAAAUAAUAUUUAAAAUCAAAUAUAUAUAUAUUUGUUAAUAGAUAAUAUACGGAUCUUAAUAAUAAGAAUUAUUUAAUUCCUAAUAuGGAAUAUUAUAUUUUUAUAAUAAAAAUAUAAAUACUGAAUAUCUAAAUAUUAUUAUUACUUUUUUUUUAAUAAUAAUAAUAUGGUAAUAGAACAUUUAAUGAUAAUAUAUAUUAGUUAUUAAUUAAUAUAUGUAUUAAUUAAAUAGAGAAUGCUGACAUGAGUAACGAAAAAAAGGUAUAAACCUUUUCACCUAAAACAUAAGGUUUAACUAUAAAAGUACGGCCCCUAAUUAAAUUAAUAAGAAUAUAAAUAUAUUUAAGAUGGGAUAAUCUAUAUUAAUAAAAAUUUAUCUUAAAAUAUAUAUAUUAUUAAUAAUUAUAUUAAUUAAUUAAUAAUAUAUAUaAUUAUAUUAUAUAUUAUAUAUUUUUUAUAUAAUAUAAACUAAUAAAGAUCAGGAAAUAAUUAAUGUAUACCGUAAUGUAGACCGACUCAGGUAUGUAAGUAGAGAAUAUGAAGGUGAAUUAGAUAAUUAAAGGGAAGGAACUCGGCAAAGAUAGCUCAUAAGUUAGUCAAUAAAGAGUAAUAAGAACAAAGUUGUACAACUGUUUACUAAAAACACCGCACUUUGCAGAAACGAUAAGUUUAAGUAUAAGGUGUGAACUCUGCUCCAUGCUUAAUAUAUAAAUAAAAUUAUUUAACGAUAAUUUAAUUAAAUUUAGGUAAAUAGCAGCCUUAUUAUGAGGGUUAUAAUGUAGCGAAAUUCCUUGGCCUAUAAUUGAGGUCCCGCAUGAAUGACGUAAUGAUACAACAACUGUCUCCCCUUUAAGCUAAGUGAAAUUGAAAUCGUAGUGAAGAUGCUAUGUACCUUCAGCAAGACGGAAAGACCCUAUGCAGCUUUACUGUAAUUAGAUAGAUCGAAUUAUUGUUUAUUAUAUUCAGCAUAUUAAGUAAUCCUAUUAUUAGGUAAUCGUUUAGAUAUUAAUGAGAUACUUAUUAUAAUAUAAUGAUAAUUCUAAUCUUAUAAAUAAUUAUUAUUAUUAUUAUUAAUAAUAAUAAUAUGCUUUCAAGCAUAGUGAUAAAACAUAUUUAUAUGAUAAUCACUUUACUUAAUAGAUAUAAUUCUUAAGUAAUAUAUAAUAUAUAUUUUAUAUAUAUUAUAUAUAAUAUAAGAGACAAUCUCUAAUUGGUAGUUUUGAUGGGGCGUCAUUAUCAGCAAAAGUAUCUGAAUAAGUCCAUAAAUAAAUAUAUAAAAUUAUUGAAUAAAAAAAAAAUAAUAUAUAUUAUAUAUAUUAAUUAUAAAUUGAAAUAUGUUUAUAUAAAUUUAUAUUUaUUGAAUAUAUUUUAGUAAUAGAUAAAAAUAUGUACAGUAAAAUUGUAAGGAAAACAAUAAUAACUUUCUCCUCUCUCGGUGGGGGUUCACACCUAUUUUUAAUAGGUGUGAACCCCUCUUCGGGGUUCCGGUUCCCUUUCGGGUCCCGGAACUUAAAUAAAAAUGGAAAGAAUUAAAUUAAUAUAAUGGUAUAACUGUGCGAUAAUUGUAACACAAACGAGUGAAACAAGUACGUAAGUAUGGCAUAAUGAACAAAUAACACUGAUUGUAAAGGUUAUUGAUAACGAAUAAAAGUUACGCUAGGGAUAACAGGGUAAUAUAGCGAAAGAGUAGAUAUUGUAAGCUAUGUUUGCCACCUCGAUGUCGACUCAACAUUUCCUCUUGGUUGUAAAAGCUAAGAAGGGUUUGACUGUUCGUCAAUUAAAAUGUUACGUGAGUUGGGUAAAUACGAUGUGAAUCAGUAUGGUUCCUAUCUGCUGAAGGAAAUAUUAUCAAAUUAAAUCUCAUUAUUAGUACGCAAGGACCAUAAUGAAUCAACCCAUGGUGUAUCUAUUGAUAAUAAUAUAAUAUAUUUAAUAAAAAUAAUACUUUAUUAaUAUAUUAUCUAUAUUAGUUUAUAUUUUAAUUAUAUAUUAUCAUAGUAGAUAAGCUAAGUUGAUAAUAAAUAAAUAUUGAAUACAUAUUAAAUAUGAAGUUGUUUUAAUAAGAUAAUUAAUCUGAUAAUUUUAUACUAAAAUUAAUAAUUAUAGGUUUUAUAUAUUAUUUAUAAAUAAAUAUAuUAUAAUAAUAAUAAUUAUUAUUAUUAAUAAAAAAUAUUAAUUAUAAUAUUAAUAAAAUACUAAUUUAUCAGUUAUCUAUAUAAUAUCUAAUCUAUUAUUCUAUAUACU
-------(((((((((((((((.((......((((((((((((.....((((((((((....((((....((((((((.---.))))))))...(((((((((((.---((((.......(.(((((.---..))))).)....))))..(((....)))....(((((((.(..(.(---------------------).)..).))))))).........((((((.....(......)......))))).).........((....))...(((.(.....((.....))....).)))....(((.........((((((.......))))))......((((..[[[[.))))..)))......))))))))).))..........((....))....)))).....)))))))))).....(.((((..(((((........)))))..)))).<.(.(........).).((((((....(((((((((((((..(((.....)))..............-------.....(((........))).-.........)))))))))))))..((.(...((((((.....((((((((((.((((......).)))...(((..((((........)))).)))..).))))))))).(..((.....))....)..))))))......).))..((((((....(((((....)))))(.((((((...(.(((((((((((((((((---------))))))))))....((...(((...(((((((.(((((((((.((-----))).))-)))))))))))))..)).)...))..)))))))..)..))))))..)..((((((.(((......))).))))))....(((......)))...(((..(((...((([[[...(((((((.....((......(((((((((..---------------------------------------------------------------------------------------....)))).....((((((((..)))))))).)))))..........]]])).............)))))))(((((.----.))))).(((((((((-------)))))))))..)))...))).)))((((((((((((.--------...))))))))))))....))))))(.((((((......(.(((((((((...))))))))).)......))))))..).....))))))(......((....((((((......))))))((((....((((..(..(.......)..(((..[[..((...(((.(...-----.(((....)))..))))...))....).))..((((((---..(((.....((.----------------------------------------(((..()..))).)).((((((((((..---..)))))))){{.{.))....)))(..)....--)))))).....]]....).....((......)).))))..((.......))...))))..((((....((((((((.((..(....(........((((....(.[...)......))).........)...((((((((...((.........))...(((((((.....(((.....))).......))))))).]..((.(((..(((((((..(......(.(((((((......)))))))).[....).)))))..)))))(((((........)))))........((..........(((((.......)))))..)..)....)).....)).))))))..)..))).)))))))).)))))).....)).[..(((((.....>].)))))..((((((((.(((.(((...((((((.((((((..(((((.((((((.](((.(((((((((((.......-----------------------------------------------------------------...)))))))))))...((((((----------------------------------------------------------------------------------..(---------.(....).).....(((((((((((-----(())))))))))))).--.))))))....)))))))))..)))))..((((.----))))((((((...........))).)))([((....((......(((....)))..------........(((((((.....)))))))....)).....(((((((((((.---------------...)))))))))))..................((((((....(((((.......)))))((...((((((.----------------------------------------------------------------------------------------------))))))..))......((][.[[[))....)))))).....((((..(((...{..)))..)))).(((....))).))]]].]......((((((.((..]]]]..)))))))).....)}......))))..))))))).----.((((.(.(((((....((.......))....)))))...)))).).)-----(((((.((((((..(..((((((.......))))))....).(((((.....))))).....)))))..)...))).))...(((((((....))).))))...)))..))))))))))).....(((((...(((((..(((((((.....(....)....)))))))((((((...((((....((((((((((((((...(((...--------------------(....)...))).......((..}.}}))......)).))))))))..))))....)))).))))))...((....((((..............))))....))..)))))...)))))..(..((((((((((.......)))))........(((((.......((...(((((.---------.))))).---------------------------------))....--------...)).)))....)))))).)))))))))))))).)))))))))))))))..---