You are 3033011 visitor.
Currently 6 users online.


Sequence & secondary structure in dot-bracket notation
       
 PDB id   NDB id  Strands     Number of models     Functional class     Experimental method     Resolution [Å]     PDB deposition
1VQ6 RR0102 0, 9, 4, 51RIBOSOMEX-Ray Difraction2.72004-12-16


model 1
>strand_0
UUGGCUACuAUGCCAGCUGGUGGAUUGCUCGGCUCAGGCGCUGAUGAAGGACGUGCCAAGCUGCGAUAAGCCAUGGGGAGCCGCACGGAGGCGAAGAACCAUGGAUUUCCGAAUGAGAAUCUCUCUaACAAUUGCUUCGCGCAAUGAGGAACCCCGAGAACUGAAACAUCUCAGUAUCGGGAGGAACAGAAAACGCAAUGUGAUGUCGUUAGUAACCGCGAGUGAACGCGAUACAGCCCAAACCGAAGCCCUCACGGGCAAUGUGGUGUCAGGGCUACCUCUCAUCAGCCGACCGUCUCGACGAAGUCUCUUGGAACAGAGCGUGAUACAGGGUGACAACCCCGUACUCGAGACCAGUACGACGUGCGGUAGUGCCAGAGUAGCGGGGGUUGGAUAUCCCUCGCGAAUAACGCAGGCAUCGACUGCGAAGGCUAAACACAACCUGAGACCGAUAGUGAACAAGUAGUGUGAACGAACGCUGCAAAGUACCCUCAGAAGGGAGGCGAAAUAGAGCAUGAAAUCAGUUGGCGAUCGAGCGACAGGGCAUACAAGGUCCCUCGACGAAUGACCGACGCGCGAGCGUCCAGUAAGACUCACGGGAAGCCGAUGUUCUGUCGUACGUUUUGaAAAACGAGCCAGGGAGUGUGUCUGCAUGGCAAGUCUAACCGGAGUAUCCGGGGAGGCACAGGGAAACCGACAUGGCCGCAGGGCUUUgCCCGAGGGCCGCCGUCUUCAAGGGCGGGGAGCCAUGUGGACACGACCCGAAUCCGGACGAUCUACGCAUGGACAAGAUGAAGCGUGCCGAAAGGCACGUGGAAGUCUGUUAGAGUUGGUGUCCUACAAUACCCUCUCGUGAUCUAUGUGUAGGGGUGAAAGGCCCAUCGAGUCCGGCAACAGCUGGUUCCAAUCGAAACAUGUCGAAGCAUGACCUCCGCCGAGGUAGUCUGUGAGGUAGAGCGACCGAUUGGUGUGUCCGCCUCCGAGAGGAGUCGGCACAcCUGUCAAACUCCAAACUUACAGACGCCGUUUGACGCGGGGAUUCCGGUGCGCGGGGUAAGCCUGUGUACCAGGAGGGGAACAACCCAGAGAUAGGUUAAGGUCCCCAAGUGUGGAUUAAGUGUAAUCCUCUGAAGGUGGUCUCGAGCCCUAGACAGCCGGGAGGUGAGCUUAGAAGCAGCUACCCUCUAAGAAAAGCGUAACAGCUUACCGGCCGAGGUUUGAGGCGCCCAAAAUGAUCGGGACUCAAAUCCACCACCGAGACCUGUCCGUACCACUCAUACUGGUAAUCGAGUAGAUUGGCGCUCUAAUUGGAUGGAAGUAGGGGUGAAAACUCCUAUGGACCGAUUAGUGACGAAAAUCCUGGCCAUAGUAGCAGCGAUAGUCGGGUGAGAACCCCGACGGCCUAAUGGAUAAGGGUUCCUCAGCACUGCUGAUCAGCUGAGGGUUAGCCGGUCCUAAGUCAUACCGCAACUCGACUAUGACGAAAUGGGAAACGGGUUAAUAUUCCCGUGCCACUAUGCAGUGAAAGUUGACGCCCUGGGGUCGAUCACGCUGGGCAUuCGCCCAGUCGAACCGUCCAACUCCGUGGAAGCCGUAAUGGCAGGAAGCGGACGAACGGCGGCAUAGGGAAACGUGAUUCAACCUGGGGCCCAUGAAAAGACGAGCAUAGUGUCCGUACCGAGAACCGACACAGGUGUCCAUGGCGGCGAAAGCCAAGGCCUGUCGGGAGCAACCAACGUUAGGGAAUUCGGCAAGUUAGUCCCGUACCUUCGGAAGAAGGGAUGCCUGCUCCGGAACGGAGCAGGUCGCAGUGACUCGGAAGCUCGGACUGUCUAGUAACAACAUAGGUGACCGCAAAUCCGCAAGGACUCGUACGGUCACUGAAUCCUGCCCAGUGCAGGUAUCUGAACACCUCGUACAAGAGGACGAAGGACCUGUCAACGGCGGGGGUAACUAUGACCCuCUUAAGGUAGCGUAGUACCUUGCCGCAUCAGUAGCGGCUUGCAUGAAUGGAUUAACCAGAGCUUCACUGUCCCAACGUUGGGCCCGGUGAACUGUACAUUCCAGUGCGGAGUCUGGAGACACCCAGGGGGAAGCGAAGACCCUAUGGAGCUUUACUGCAGGCUGUCGCUGAGACGUGGUCGCCGAUGUGCAGCAUAGGUAGGAGACACUACACAGGUACCCGCGCUAGCGGGCCACCGAGUCAACAGUGAAAUACUACCCGUCGGUGACUGCgACUCUCACUCCGGGAGGAGGACACCGAUAGCCGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUACGCGCUCGAAAAGAUAUCGAGCGCGCCCUAUGGCUAUCUCAGCCGGGACAGAgACCCGGCGAAGAGUGCAAGAGCAAAAGAUAGCUUGACAGUGUUCUUCCCAACGAGGAACGCUGACGCGAAAGCGUGGUCUAGCGAACCAAUUAGCCUGCUUGAUGCGGGCAAUUGAUGACAGAAAAGCUACCCUAGGGAUAACAGAGUCGUCACUCGCAAGAGCACAUAUCGACCGAGUGGCUUGCUACCUCGAUGUCGGUUCCCUCCAUCCUGCCCGUGCAGAAGCGGGCAAGGGUGAGGUugUUCGCCUAUUAAAGGAGGUCGUGAGCUGGGuUuAGACCGUCGUGAGACAGGUCGGCUGCUAUCUACUGGGUGUGUAAUgGUGUCUGACAAGAACGACCGUAUAGUACGAGAGGAACUACGGUUGGUGGCCACUGGUGUACCGGUUGUUCGAGAGAGCACGUGCCGGGUAGCCACGCCACACGGGGUAAGAGCUGAACGCAUCUAAGCUCGAAACCCACUUGGAAAAGAGACACCGCCGAGGUCCCGCGUACAAGACGCGGUCGAUAGACUCGGGGUGUGCGCGUCGAGGUAACGAGACGUUAAGCCCACGAGCACUAACAGACCAAAGCCAUCAU
--------...(((((((((.....(((..((((((((.(((......((((((.[[..[[.)))....(((((((...(((]]..]].)))......)))))).).)))....(((...)))(--.)..(((((.....))))).))...((((((.....(...[..)......))))).).........((.....))...(((((.....((.]...))....)))))...((((...((..((((......)))....))).....(((((((.......(..(.....(((((((....({((((......)))))(((...).[[.....})).]]....)))))))......)..)....))))).)).)....(((((((........)))))))......(((((.[[[[[[)))))..)))......)..)))))).))...............((....))....))......(...(((.....))).............)).....)))))))))......(.((((((((((....((((((..((....(....(((((....))))).....)...))..))))..)).)))))))))).{.(((........))).((((((....(((((((((((((..(((...((((.....))))...)))...((....))..(..((((...((((..-))))...)))))((((((....))))))...)))))))))))))..((.(...((((((.....((((((((((.((((...(((((((....)))))))...).)))....(((..((.((........)))).)))..).))))))))).(.(((.....)))...)..))))))......).))..((((((....(((((....)))))..((((((....((.(((((((((...(((.....((..((.----------------------------))..))...)).)...)))))))))))........)))))).....((((((((((.....))))))))))....(((......)))...(((((((...((([[[...(.((((((.....((...........(((.((((((((((.......(((((.((.[.(((.........)))...)).....(]..((......)).).)))))...)))))))))))))..........]]]))....))))))))))...)))))))(((((((.......)))))..))....))))))(.(.((((((((......((((((((....))))))))...)))))))).)..).....))))))((.....((.......((((((.......))))))((((....((((..((..(((((((...((.....)).))))))....[[(((.((...((((((.((.....))..)))))).....))...(((((........)))))]]((((((((.......(((...((((((((...((((((((((((..-<<.))))))(...(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))....)(....)))))))...))))))))(...)....)))..)))))))).))).))).....((......)).))))..(((.......)))..))))...((((.....((((((((.((..(....(.......(((((....(.[..).....)))))(((((((((.....)))))))))(...).......(((((((((...((.........))...(((((((.....(((....))).......))))))).].(((.(((..(((((((..(((.....((((......)))).....))))))))..)))))((...------------))........((..........(((((.......)))))..)..)....)))....)).))))))).)..))).)))))))).))))))....)))[[..(((((.....}]])))))..(((((((..(((.((......((((.((((((..(((((.((((((((..(((----------------------------------------------------------------------------------------------------..)))...((((....)))).....))))))))..)))))..(((..{{..[)).)((((((..........]))))))([((...(((((((.(.((((((-----..))))))...).((][.[[[))....)))))))...(((((((((.........))))))))).(((....))).))]]].].....(((((.(((((.]]]]]]))))))))))....).....))))..)))))).......((((.(.((((((...((.......))...))))))...)))).).......(((((.((((((..(((((((((......))))))..)))..((((.[...))))......)))))..)...))).))....(((((((....))).))))....))..))).)))))))....--((((((...((((..((((((((.....(....)....))))))))(((((...((((...((((((((((>>..)))))...))))).[.)))).)))))..(((....((((.............))))....))).)))).......)))))).....(((((((((.......)))))....(((.((((((((....(((((..(....)..)))))...))))]))))..)))...))))..---------
>strand_9
uUAGGCGGCCACAGCGGUGGGGUUGCCUCCCGUACCCAUCCCGAACACGGAAGAUAAGCCCACCAGCGUUCCGGGGAGUACUGGAGUGCGCGAGCCUCUGGGAAACCCGGUUCGCCGCCACC
...((((((....((((((((......((((((...(.....)...))))..))....)))))).))...(((((.....((((((.((....))))))))....)))))...))))))...
>strand_4
ca
].
>strand_5
cCA
}}.