You are 4279265 visitor.
Currently 9 users online.


Sequence & secondary structure in dot-bracket notation
       
 PDB id   NDB id  Strands     Number of models     Functional class     Experimental method     Resolution [Å]     PDB deposition
3J4Z A, 1, 2, 31RIBOSOMEElectron Microscopy202013-10-14

model 1
>strand_A
AAUuGAAGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAACGGUAACAGGAAGAAGCUUGCUUCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGGGAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCUUCGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAGCUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGACCAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUUGUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGGAGUAAAGUUAAUACCUUUGCUCAUUGACGUUACCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGCACGCAGGCGGUUUGUUAAGUCAGAUGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCUGGGAACUGCAUCUGAUACUGGCAAGCUUGAGUCUCGUAGAGGGGGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGAGGAAUACCGGUGGCGAAGGCGGCCCCCUGGACGAAGACUGACGCUCAGGUGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGUCGACUUGGAGGUUGUGCCCUUGAGGCGUGGCUUCCGGAGCUAACGCGUUAAGUCGACCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCAAAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGUCUUGACAUCCACGGAAGUUUUCAGAGAUGAGAAUGUGCCUUCGGGAACCGUGAGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCCUUUGUUGCCAGCGGUCCGGCCGGGAACUCAAAGGAGACUGCCAGUGAUAAACUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGCAUACAAAGAGAAGCGACCUCGCGAGAGCAAGCGGACCUCAUAAAGUGCGUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGAAUGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGUAGCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCA
---....((((....[[[..)))).((((.(((((..(((((((((....(((.(((..(((..((.((..(((((((((......)))))).)))))..)))))......(((......(((.(((..((...((.((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....(((....)))....(((((...((....)).))))).)))).))..)).))).)))(......(((..((((((((.......)))))))))))........)..(((.((((....))))....)))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((((....)))).))))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))...(.(((((...(....((((((.(.......))).)))).....)....)))))....)..((((([[[...(((((.....((.]]])).......))))))))))..)))))))))..........((([[...(.((((...(((.(((((((.(((((.(((.......((((((.....)))))).....))).)))..)))))))))..(((((.(((...((((((((....((((((....((........)).......))))))....).......((....)).)))))))..)))..))))..))))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((.((((((((.....)))))))).)))...(...]].).....)))))))))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((.(.(((((((.((..(((((..((((((((((......((........))..........(((((((..(...(.(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))..))..(.((....(((.(..(....(((((((((....)))..(((........)))..))))))......(((.(((((.(...((...(.......).))....).)))))..(..(((((.....))))).....)..)))......)...).)...))..))).....)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......(.....((((((........)))))).....)..)..))))).....(((((((.........)))))))......))...)))))))).).))..(.(..((.(.((((..((..((((((((((......((((((..(((..((....)).))).)))))).....))))))))))..))..))))..).))...)..)..(((((((((....)))))))))......
>strand_1
gGGUGAuUAGCUCAGCUGGGAGAGCACCUCCCUuACaAGGAGGGGgUCGGCGGuuCGAUCCCGUCAUCACCCACCA
((.((((..((((........)))).(((((....[..))))).....(((((.......))))))))).))....
>strand_2
aCUAUGGUUUUUAUU
.....{]........
>strand_3
cGCGGGGuGGAGCAGCCUGGuAGCUCGUCGGGcUCAUAACCCGAAGGUCGUCGGuuCAAAUCCGGCCCCCGCAACCA
.((((((..((((......[..))))..((((..}....))))......(((((..]....))))))))))).....